Een vrijdenker is iemand die meent dat de basis voor alle overtuigingen moet bestaan uit wetenschap, logica en rede, en niet geloof, gezag, dogma of traditie. Vrijdenkers zijn voorstander van de scheiding tussen kerk en staat. Vrijdenkers zijn het tegenovergestelde van godsdienstige ultra-fundamentalisten, die geloven dat er geen seculaire overheid mag zijn en dat alle overheden gebaseerd moeten zijn op goddelijke openbaringen.

De term heeft niet altijd een dergelijke positieve connotatie gehad. In het Europa van de zeventiende eeuw bijvoorbeeld, was de term een synoniem voor een waaier aan niet-Christenen. Wie de geschriften leest over Bisschop Edward Stillingfleet (1635-1699) komt de term vaak tegen en steevast in pejoratieve betekenis. Doorgaans sloeg dit woord op iemand die de goddelijke herkomst van de Bijbel verwierp, maar het werd ook vaak gebruikt om te verwijzen naar iemand die het traditionele Christelijke geloof verwierp zoals de Drievuldigheid (het geloof dat God drie personen in één wezen is) of de Incarnatie (het geloof dat Jezus zowel mens als god was). De term werd tevens gebruikt om atheïsten te beschrijven als Thomas Hobbes en Baruch Spinoza. Het werd, samen met termen als "Sociniaans", gebruikt om te verwijzen naar Deïst of Unitariër. John Toland (Christianity Not Mysterious, 1696) is een typisch voorbeeld van het soort denker wiens werk door zijn tegenstander het werk van een vrijdenker werd genoemd. A Discourse of Freethinking, occasioned by the Rise and Growth of a Sect called Freethinkers van Anthony Collins (1713) is, voor zover we weten, het eerste pleidooi ter verdediging van het vrijdenken en gebruikt de term als een gewenste eigenschap.

Historisch gesproken waren vele vrijdenkers Deïsten of agnostici, niet atheïsten, maar net als vele atheïsten waren ze tegenstander van autoritaire, dogmatische en vaak irrationele overtuigingen en praktijken van georganiseerde godsdiensten.

In de Verenigde Staten was er al vanaf het ontstaan van de staat een conflict tussen vrijdenkers en dogmatische Christenen (zie Jacoby 2004). Doorgaans baseren de vrijdenkers zich op de rede als basis voor overtuigingen en acties, en niet op de Bijbel. Goede voorbeelden hiervan zijn Reason the Only Oracle of Man van Ethan Allen (1794) en The Age of Reason van Thomas Paine (1804). Andere bekenden die zich als vrijdenkers gedroegen zijn Thomas Jefferson, James Madison, Benjamin Franklin, Robert Ingersoll, William Lloyd Garrison, Elizabeth Cady Stanton (en haar Woman's Bible), Ernestine Rose, en Clarence Darrow.

Vaak waren het de vrijdenkers, en niet de Christelijke fundamentalisten, die vochten voor zaken als de afschaffing van slavernij, stemrecht voor vrouwen en burgerlijke vrijheden. Het is redelijk ironisch dat het in de Amerikaanse geschiedenis de vrijdenkers waren die het hardst vochten voor godsdienstvrijheid. Een van de prominente bewegingen in die strijd was de American Civil Liberties Union, een groep mensen die gehaat werd door de godsdienstige fundamentalisten, conservatieven en andere slaven van traditie en irrationeel geloof die hun overtuigingen aan de rest van de gemeenschap wensten op te leggen.